愛沙尼亞專利申請有效期自申請日起20年內有效。醫藥專利和農藥專利可以申請延長保護期5年。當保護期延長時，將頒發補充保護證書（SPC）。
如果發明信息是在申請日前12個月內公布的，那么該愛沙尼亞專利申請將不會失去新穎性。
一、愛沙尼亞專利申請流程
提出愛沙尼亞專利申請后，進行為期一個月的形式審查。如果愛沙尼亞專利申請材料符合形式審查的要求，將發出通過形式審查的通知。根據愛沙尼亞的法律，實質性審查在申請公布后自動進行(無需向專利局提出請求)。如果發明符合專利性要求，將發布授權決定通知。支付授權官費后，將頒發專利證書。
愛沙尼亞專利申請需要1-2年時間。
國外申請人必須委托愛沙尼亞專利代理人開展愛沙尼亞專利申請等相關活動。
二、愛沙尼亞專利申請所需材料
1.愛沙尼亞專利申請人和發明人的姓名、地址和國籍；
2.在先申請或PCT申請的申請號和申請日期；
3.專利說明書，權利要求書、摘要和附圖；
4.修改文件的副本(如果有)；
愛沙尼亞專利申請人簽署的授權委托書應在申請日起2個月內提交給愛沙尼亞專利局，無需公證和認證；
如果《巴黎公約》申請要求優先權，應提供優先權文件的核證副本，并在優先權日起16個月內向愛沙尼亞專利局提交；
PCT申請進入愛沙尼亞國家階段的期限是從優先權日起31個月?！栋屠韫s》申請進入愛沙尼亞國家階段的時限是從優先權日起12個月。
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